前言
「自費含藥費可以用 45%，那把自費都列成含藥，不就比較省？」
45% 只對應一種收入，那就是非健保、且含藥費。不含藥費是 20%，健保依核定點數換算，掛號費另有規則。更關鍵的是：收入端寫「含藥」，不會讓費用端自動取得任何認列。你仍要說明藥材真的進貨、領用，並對得回診療。
這正是中醫診所和其他科別最不一樣的地方：同一次就診，收入要分流、成本要對帳，收據還要處理憑證稅。至於受聘或開業的所得身分怎麼判斷，請參考〈醫師稅務怎麼分？從醫院受聘、診所任職到開業，搞懂決定稅賦的四個變數〉。
資料聲明：本文提供一般稅務理解的相關資訊，不取代會計師、稅務代理人、律師或稽徵機關依個案完整事實所作的判斷，報稅務必合法合規，誠實報稅。
一、含藥分流：45% 與 20% 的差距，依收費當下決定
中醫診所同一次就診，可能同時產生健保給付、掛號費、自費診療與藥費。這四種錢在費用標準裡走的是四條不同的路。
主管機關：財政部
適用年度：114 年度所得（115 年申報）
來源：114 年度執行業務者費用標準（台財稅字第 11404667891 號令）
| 收入項目 | 114 年度標準 |
|---|---|
| 全民健康保險收入（含法定部分負擔、醫療資源不足地區改善方案核付點數） | 依中央健康保險署核定之點數，每點 0.8 元 |
| 掛號費（114 年 12 月 31 日收取金額超過 150 元） | 80% |
| 掛號費（114 年 12 月 31 日收取金額 150 元以下） | 90% |
| 非健保醫療費用收入（不含藥費） | 20% |
| 非健保醫療費用收入（含藥費） | 45% |
| 健保收入經健保署區分藥費及藥事服務費者（附註二） | 該部分適用 94% |
兩則附註常被漏掉：
- 附註二：前提是健保署已完成區分，不是診所自己在帳上拆藥費比例。
- 附註三：掛號費申報時檢附當年度實際收費情形（含單價及人次）者，得依實際收取超過 150 元或 150 元以下，分別適用 80% 或 90%，調價紀錄與人次統計要按年留存。
所以收費系統至少要有四個獨立代碼：健保、掛號費、自費含藥、自費不含藥。「自費」不能只有一個大類，因為 20% 與 45% 是兩個不同項目。
至於「那我把自費都開成含藥」，收入性質由實際交易決定，不是標籤。改了名稱卻拿不出處方與藥材領用紀錄，只會把單純的分類問題變成憑證問題。
年度會換，方法不會。財政部約在每年三月公布前一年度標準，換年度時把上表數字替換即可，收入分類與舉證方式不用重學。
另外要知道：費用標準是稽徵機關在執行業務者未依法辦理結算申報、未依法設帳保存憑證，或未能提供帳簿文據時的核定方式，而且查得的實際所得較高者仍依查得資料核計。已設帳記載的診所，實務上另有核實認列、書面審核純益率（中西醫不含牙醫為 20%）與前三年平均純益率三條路。四種方式的差異與適用前提，請參考〈西醫診所節稅與報稅：收入分類、費用標準與核實申報〉。
二、藥材對帳：收入含藥，不等於成本可列
這是中醫診所最容易混為一談的兩件事：「自費收入含藥」說的是這筆收入的性質，決定適用哪一格費用標準；「藥材成本可列」說的是這筆支出能否認列，決定核實減除撐不撐得住。
兩者各自成立，不會互相證明。收入開成含藥，不會讓藥材成本自動獲得認列；反過來，藥商發票收了一整年，也不代表成本就對得回診療。
依執行業務所得查核辦法，非屬業務直接必要的費用不得列報，未取得原始憑證或記載不符者不予認定。中藥材的難處在於：從進貨到用在病人身上，中間要經過分裝、調劑與耗損，只留一張藥商發票是接不起來的。
建議把藥材線切成五個節點，每一節都要有紀錄：
| 節點 | 留下資料 | 可對照 |
|---|---|---|
| 進貨 | 藥商發票、品項、數量、批號 | 付款紀錄與金流 |
| 付款 | 轉帳或支票憑證，受款人與發票一致 | 銀行帳戶 |
| 領用 | 調劑或分裝紀錄、日期、數量 | 當日處方與診療紀錄 |
| 退貨與報廢 | 退貨單、報廢紀錄與原因 | 進貨與存貨異動 |
| 盤點 | 定期盤點表、帳存與實存差異說明 | 年度存貨金額 |
最關鍵的是領用那一列。它是唯一能把「藥材買進來」和「用在哪個病人身上」串起來的紀錄；缺了它，會計師只能看到一筆採購與一筆收入，中間是斷的。
個別支出能不能列、何時列、列多少，仍要看必要性、真實性與憑證是否相符；查核辦法另明訂交際費、職工福利、伙食費、捐贈等項目的認列上限與條件，請參考〈西醫診所節稅與報稅：收入分類、費用標準與核實申報〉。
三、收據與印花稅：所得稅之外，還有一套憑證稅
所得稅課的是所得，印花稅課的是憑證。收入有申報，不代表收據義務已經完成，這是中醫診所每天在開、卻最少被提醒的一環。
依印花稅法第 5 條，銀錢收據屬應稅憑證；醫療院所開立的醫療收據即屬銀錢收據，應由開立收據的醫療院所按金額千分之四負責貼用印花稅票。健保特約院所向健保署請領醫療給付、以及向保險對象收取法定部分負擔醫療費用所出具的收據，屬健保給付範圍者免徵（財政部稅務入口網｜印花稅問答實例｜臺中市地方稅務局｜醫療院所非健保收據應繳印花稅）。
換句話說，掛號費與不屬於健保給付範圍的自費項目收據，通常就落在應貼花的範圍內。四個實務細節值得寫進櫃檯作業說明：
| 細節 | 規定 | 實務意義 |
|---|---|---|
| 整數貼花 | 每件依稅率計算到元為止，稅額不足 1 元的部分不必貼用 | 金額未達 250 元的收據不會產生應貼稅額；250 元以上要留意 |
| 逐件計算 | 以該張憑證金額計算 | 同一張收據若併列掛號費與自費，是合併計算——單據怎麼開會直接影響結果 |
| 彙總繳納 | 經核准者以每 2 個月為 1 期，於 1、3、5、7、9、11 月的 15 日前自行核算、填具繳款書繳納，並於同一期限內填具印花稅總繳申報表申報 | 收據量大時免逐張貼花銷花 |
| 總繳戳記 | 經核准總繳的憑證，於書立後交付或使用前應加蓋「本憑證印花稅總繳」戳記，戳記啟用前須報請備查 | 申請通過不等於做完，戳記與備查是配套 |
還有一個邊界要注意：兼具營業發票性質的銀錢收據，不在銀錢收據的課徵範圍內。所以診所若另售非醫療商品並開立統一發票，該份憑證的處理與一般醫療收據不同；而非醫療商品本身也可能涉及稅籍登記與營業稅（財政部稅務入口網｜營業稅免稅範圍）。品項怎麼歸類，請依實際憑證向地方稅稽徵機關或專業者確認。
最後提醒：收現金或病人不索取收據，都不會讓收入失去申報義務。財政部已公開提醒醫療院所的健保給付與自費收入均須覈實依法申報（財政部說明）。
四、開業前先建好的四張表
以下四張表不必一次做到完美，但要在相關交易發生前先有欄位與負責人。
| 表別 | 建議時點 | 至少包含 | 常見缺失 |
|---|---|---|---|
| 收入代碼表 | 收費系統上線前 | 健保、掛號費、自費含藥、自費不含藥（另加非醫療商品） | 「自費」只有一欄 |
| 藥材與存貨表 | 首批進貨前 | 進貨、付款、領用、退貨報廢、盤點五個節點 | 只有藥商發票，沒有領用紀錄 |
| 收據與印花稅表 | 開診前 | 收據類型、是否屬健保給付範圍、貼花或彙總繳納方式 | 收據性質未分流 |
| 專業問題清單 | 前三表完成後 | 問題、現有資料、缺件、負責窗口 | 只問「哪個比例最省」 |
真正要守住的是：系統先分流、交易即留證、每月能對帳、每季能盤點。
五、三個常見誤區與自我檢核
誤區一：把 45% 當成中醫診所的通用費用率。它只對應非健保、含藥費的醫療收入；不含藥費是 20%，健保依核定點數計算，掛號費另有規則。
誤區二：為了適用較高比例，把自費一律列成含藥。收入性質取決於實際交易；改標籤卻拿不出處方與藥材紀錄，問題會更大。
誤區三：以為自費收入報了所得稅，收據就沒事了。所得稅與印花稅是兩套規定，非健保項目的銀錢收據仍可能要貼花或彙總繳納。
接著自評一次：
- 收費系統已把健保、掛號費、自費含藥、自費不含藥拆成獨立代碼。
- 藥材的進貨、付款、領用、退貨與盤點五個節點都有紀錄，且能互相對回。
- 領用紀錄可以對回當日處方與診療紀錄。
- 自費收據已依是否屬健保給付範圍分流，知道哪些要貼花。
- 若收據量大，已評估或申請彙總繳納，並確認總繳戳記與備查程序。
- 掛號費的單價、調價生效日與人次紀錄按年留存。
- 健保收入中藥費與藥事服務費是否已由健保署區分，我確認過。
- 申報前會確認當年度公告版本，而不是沿用去年的數字。
常見問題 FAQ
Q1. 114 年度中醫診所的費用率都是 45% 嗎？
不是。45% 只對應非健保且含藥費的醫療費用收入。不含藥費為 20%；健保收入依核定點數每點 0.8 元；掛號費依 114 年 12 月 31 日收取金額為 80% 或 90%；健保收入經健保署區分的藥費及藥事服務費部分適用 94%。這組數字限 114 年度所得、115 年申報。
Q2. 自費項目可以都列成含藥費嗎？
不行。收入性質取決於實際交易內容，而非收據上的標籤。若實際未包含藥費卻列為含藥，除了分類不實，也會因為拿不出對應的處方與藥材領用紀錄，讓整體帳證的可信度受影響。
Q3. 中藥材發票有診所統編，就一定能列必要費用嗎？
不一定。還要能證明支出與診療直接必要、交易與付款真實，並讓憑證對回存貨、領用或處方紀錄。只有藥商發票、沒有領用與盤點紀錄，成本與診療活動之間會是斷的。
Q4. 中醫自費收入已經申報所得稅，收據還要處理印花稅嗎？
可能要。醫療院所開立的醫療收據屬銀錢收據，應按金額千分之四貼用印花稅票；健保給付範圍及法定部分負擔的收據免徵。實務上稅額計算到元為止，不足 1 元免貼；收據量大者可申請按期彙總繳納。
Q5. 收據要多少金額才需要貼印花稅？
依整數貼花原則，稅額計算到元為止、不足 1 元的部分不必貼用。以千分之四計算，金額未達 250 元的收據不會產生應貼稅額；250 元以上就需要留意。若同一張收據併列掛號費與自費項目，是以該張憑證金額合併計算。
Q6. 彙總繳納怎麼申請？多久繳一次？
因書立應貼印花稅票的憑證甚多、不便逐件貼花銷花者，可向地方稅稽徵機關申請按期彙總繳納。經核准者以每 2 個月為 1 期，分別於 1、3、5、7、9、11 月的 15 日前自行核算稅款、填具繳款書繳納，並於同一期限內填具印花稅總繳申報表申報。經核准總繳的憑證，交付或使用前還須加蓋「本憑證印花稅總繳」戳記，戳記啟用前應報請稽徵機關備查。
Q7. 中醫師受聘與開業，稅務判斷有什麼不同？
判斷方式與其他科別相同：看的是實際工作關係與由誰承擔成本盈虧，而非執業場所或報酬名稱。自 101 年度起，醫療機構聘僱並辦理執業登記醫師的報酬原則上定性為薪資所得，能改依執行業務所得課稅的只剩三種情形，完整說明見〈醫師稅務怎麼分？從醫院受聘、診所任職到開業，搞懂決定稅賦的四個變數〉。
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諮詢說明 適合已經有實際契約、合夥安排、收入結構、稅籍或帳務資料，需要針對自身狀況討論的醫師。
具體的稅務申報與個案認定，仍應由合格會計師或稅務專業者依個案處理。
重要提醒：本文僅供一般教育與資訊整理，不是稅務、會計或法律意見，也不是可直接套用的報稅或節稅指引。所得分類、費用認列、申報方式與應納稅額，仍須依當年度法令、實際契約、帳簿憑證及個案事實判斷。申報前請向合格會計師、稅務代理人或主管稽徵機關確認，並依法、誠實、完整申報。
