健保收入不看百分比，而是依核定點數換算；掛號費還要看單價落在 150 元或更高與否。
診所報稅實際上分成以下三件事：
- 收入分類：健保、掛號費、自費含藥、自費不含藥、非醫療商品，要在收款前做好規劃，當下就分開。
- 費用標準：分類完成後，每一類各有各的算法。
- 核實申報：如果打算用實際成本申報，就要確認哪些支出撐得起認列，以及自己適不適用書審或前三年平均純益率。
第一步沒做，後面兩步都無從談起。這也是為什麼本文從收入分類講起，而不是直接給你一個百分比。費用標準逐年公告，本文先以 114 年度作為基礎，也就是目前申報年度真正要用的版本。
至於「受聘和開業哪個比較省」，請參考【醫師稅務怎麼分？從醫院受聘、診所任職到開業，搞懂決定稅賦的四個變數】
資料聲明：本文提供一般稅務理解的相關資訊，不取代會計師、稅務代理人、律師或稽徵機關依個案完整事實所作的判斷，報稅務必合法合規，誠實報稅。
一、所得身分：執行業務所得的三個窄口
談費用率之前，先確定你的報酬屬於哪一類所得。
自 101 年度起，財政部已廢止舊的「西醫師駐診拆帳」課稅慣例，把醫療機構聘僱並辦理執業登記醫師的勞務報酬，原則上定性為薪資所得。能改依執行業務所得課稅的，目前有三種方式：
- 私立醫療機構申請設立登記的負責醫師。
- 聯合診所依合約分配盈餘的個別開業醫師（須有真實共同出資與盈虧分擔）。
- 依醫師法第 8 條之 2 報經核准前往他醫療機構、與該機構不具僱傭關係，且確實負擔部分成本及必要費用者（財政部台財稅字第 10104639160 號令）。
換句話說，「抽成」「拆帳」「保底加獎金」這些名稱本身不會把所得推向執行業務所得；沒有落在這三個方向中，預設方向仍是薪資所得。實務上常常出現的是「名稱像合作、運作接近受聘、成本又由醫師負擔一部分」的混合型態，這種情況就不可以憑口說描述，建議把契約、排班、定價收款與付款憑證放在一起，交由會計師與顧問等會計與經營專業者依事實判斷。
二、收入分類：收款當下就要分成五類
假如你是開業或合夥醫師之後，最該先做的不只是找費用率，也要確認收費系統的收入分類。費用標準按收入類型分別核定，收款時混在一起，年底可能就無法調整。
| 收入類型 | 收款時至少留下 | 年底要對回 | 費用標準怎麼算 |
|---|---|---|---|
| 健保給付與法定部分負擔 | 就醫日期、核定點數、部分負擔 | 健保核定與撥付資料、收據存根 | 依核定點數換算，不看百分比 |
| 掛號費 | 單價、人次、調價生效日 | 年度收費標準與人次紀錄 | 依單價分級，另有舉證要求 |
| 非健保醫療、不含藥費 | 項目、單價、療程次數 | 價目表、療程紀錄、收據 | 單一比例，全科別相同 |
| 非健保醫療、含藥費 | 項目、藥費是否併收、處方與給藥 | 收據、處方、藥材領用與進貨 | 依科別分級 |
| 非醫療商品（保養品、保健食品等） | 品名、數量、退款或預收狀態 | 進銷存、金流與稅籍資料 | 不適用費用標準，另涉營業稅 |
同樣一筆自費收入，含藥與不含藥適用的費用率會有差距；收據沒把藥費是否併收記清楚，事後就要靠處方與藥材領用紀錄回推。
另一條容易被忽略的線是營業稅。醫院、診所、療養院提供的醫療勞務、藥品、病房住宿及膳食，依法有免徵營業稅的範圍（財政部稅務入口網｜營業稅免稅範圍）；但免徵營業稅不等於免申報所得稅，而且一旦另售保養品、保健食品或其他非醫療商品，就可能涉及稅籍登記、發票與營業稅義務。包套療程與邊界品項（例如療程附贈的居家保養品）要依實際內容判斷，最好在開賣前先確認，等到國稅局來問通常會更麻煩。
收現金、病人不索取憑證，都不會讓收入失去申報義務。財政部已公開提醒，醫療院所的健保給付與自費收入均須覈實依法申報，短漏報經查獲依法補稅及處罰（財政部｜醫療院所應誠實申報自費醫療收入）。務必要合法合規、誠實報稅。
三、費用標準：各類收入算法及提醒（以114年度標準為例）
接著來看沒有做好前述功課時，稅務的計算標準也就是執行業務未依法辦理結算申報、未依法設帳記載並保存憑證，或未能提供證明所得額之帳簿文據的情形；且稽徵機關查得的實際所得額較依標準計算後的所得額為高者，應依查得資料核計。
主管機關：財政部
適用年度：114 年度所得（115 年申報）
來源：114 年度執行業務者費用標準（台財稅字第 11404667891 號令）
| 收入項目 | 114 年度標準 |
|---|---|
| 全民健康保險收入（含法定部分負擔、醫療資源不足地區改善方案核付點數） | 依中央健康保險署核定之點數，每點 0.8 元 |
| 掛號費（114 年 12 月 31 日收取金額超過 150 元） | 80% |
| 掛號費（114 年 12 月 31 日收取金額 150 元以下） | 90% |
| 非健保醫療費用收入（不含藥費） | 20% |
| 非健保、含藥費：內科、牙科、眼科、耳鼻喉科、小兒科、皮膚科、家庭醫學科 | 40% |
| 非健保、含藥費：外科、婦產科、骨科 | 45% |
| 非健保、含藥費：精神科 | 46% |
| 非健保、含藥費：其他科別 | 43% |
| 診所與衛生福利部所屬醫療機構合作取得之收入 | 比照前三款減除必要費用 |
| 人壽保險公司給付之人壽保險檢查收入 | 減除 35% 必要費用 |
| 配合政府政策辦理老人、兒童、婦女、中低收入者、身心障礙者及其他特定對象補助計畫之業務收入 | 減除 78% 必要費用 |
| 自費疫苗注射收入 | 減除 78% 必要費用 |
| 依醫師法第 8 條之 2 報經核准前往他醫療機構、與該機構不具僱傭關係者 | 按實際收入減除 10% 必要費用 |
兩則附註也常被漏掉：
- 附註二：健保收入經中央健康保險署區分藥費及藥事服務費收入者，該部分收入適用的費用率為 94%。這一條的前提是健保署已經把藥費拆出來，不是自己在帳上分。
- 附註三：掛號費收入於申報時檢附當年度掛號費實際收費情形（包含單價及人次）者，得依實際收取超過 150 元或 150 元以下之金額，分別適用 80% 或 90%。換句話說，掛號費的調價紀錄與人次統計要按年留存，不是等申報前才回想去年調過幾次價。
兩個提醒：
- 43% 不是西醫師的通用費用率，它只對應非健保、含藥費、其他科別這一格
- 掛號費比例是以 114 年 12 月 31 日的收取金額及規定條件認定。中醫與獸醫另有各自的標準。
至於明年怎麼辦，通常換的是這張表，不是上面那套方法。
新版公告後，用同樣三個步驟進行判斷：
- 第一步，換數字不換結構。收入仍然分成健保、掛號費、非健保不含藥、非健保含藥、非醫療商品，只是把各格比例換成新年度的公告值。
- 第二步，確認自己科別那一格有沒有異動。科別分組偶爾會調整，不要憑去年的印象直接填。
- 第三步，看有沒有事後補充。年度標準公告後，個別項目仍可能另以函釋調整，換年度時請會計師一併確認，不要只看最初公告那份。
四、核定方式：費用標準只是四條路之一
看完上面那張表，很多人的下一句是「那我用 43% 報就好了吧」（你認真？確定不書審？）。就算如此，費用標準也不是可以任選的優惠比例表，而是有明確前提的核定機制。
《執行業務所得查核辦法》要求費用與業務直接必要且須有相符憑證；《執行業務者帳簿憑證設置取得保管辦法》另規範帳簿設置與憑證的取得、整理及保存（查核辦法、帳簿憑證辦法）。帳簿與憑證是開業醫師的法定義務，不會因為採哪一種計算方式而消失。
實務上診所的所得核定方式共有四種：
| 核定方式 | 適用前提（簡化） | 中西醫適用標準 |
|---|---|---|
| 依帳載數核實認列 | 已設帳、如期申報，以真實收入減除真實成本費用 | 無固定比例，依實際帳載 |
| 書面審核純益率核定 | 已設帳、如期申報，申報或自行調整之純益率達書審標準以上，且已加入健保或有訪（函）查收入資料 | 中、西醫（不含牙醫）20%；牙醫 25% |
| 按前三年平均純益率核定 | 已設帳、如期申報，申報或調整之純益率達前三年度核定平均純益率以上（未達 6% 之年度不併計平均值） | 依個別診所前三年查帳核定結果而定 |
| 依部頒費用標準核定 | 未依法申報、未依法設帳保存憑證，或未能提供證明所得額之帳簿文據 | 見上表 114 年度標準 |
已設帳記載的西醫診所有三條路可走（核實、書審、前三年平均），只有沒設帳或帳證不齊的，才會落到費用標準。書審與前三年平均各有規模門檻與年限限制（例如前三年平均最多連續適用五年），且年年可能微調，實際適用請由會計師依當年度、當轄區的要點原文判斷。
先抽最近三個月的資料做一次測試：收入能不能依上一節的五類分流、藥品與耗材能不能對回領用、憑證是否完整、設備是否已建立資產資料。三個月都拆不清楚，整年只會更難。
五、核實申報：必要費用的三道檢查
有診所統一編號的發票，不等於一定可以列報。一筆支出能不能成為必要費用，實務上要同時通過三道檢查：
- 第一道：是否與醫療業務直接必要？判斷起點是這筆支出和診所營運的關係，不是能不能取得發票。
- 第二道：是否真實發生，且由正確對象支付？付款人、受款人、交易內容與金流要能對得上。
- 第三道：是否有相符憑證？人事支出還涉及扣繳與投保；多人或公私共用的項目，要有合理的分攤依據。
| 支出類型 | 通常較容易說明 | 需要逐案判斷 |
|---|---|---|
| 空間與人事 | 房租、水電、員工薪資（須扣繳投保相符） | 自有房屋租金、公私共用空間的分攤 |
| 醫療相關 | 藥品醫材、檢驗耗材、設備維修 | 高值設備（涉資產分類與折舊）、租賃 vs 購置 |
| 營運與行銷 | 診所系統、清潔、專業責任保險 | 車輛、旅費、進修、廣告、顧問與委外服務 |
兩個獨資開業診所最常踩的點，值得記住法源以及規定喔（你懂的！）：
- 依 執行業務所得查核辦法 第 18 條第 2 款規定，執行業務者除聯合執行業務者已於契約內訂定、其薪資得在不超過同業通常水準核實認列外，不得於其事務所列報薪資費用—（獨資診所的負責醫師不能把自己領的報酬當一般員工薪資列為診所費用，本人的日常伙食費同樣不得以伙食費列支）
- 第二個是自有房屋的租金。同辦法租金支出規定，執行業務者以本人所有之房屋供其本人執行業務使用者，不得列支租金支出；但二人以上聯合執業之聯合事務所，租用其中一位執行業務者的自有房屋，不在此限（獨資與聯合執業的處理並不相同，這個例外常被漏掉）
設備則可能涉及固定資產分類、耐用年限與折舊，不宜想成買進當年就全額認列。
至於合夥、管理公司與關係人交易這類架構問題，屬於高風險爭議區，判斷邏輯與四級風險界線在支柱篇有完整說明：【醫師稅務怎麼分？從醫院受聘、診所任職到開業，搞懂決定稅賦的四個變數】
西醫診所至少先要記住：私立醫療機構的所得原則上以設立登記的負責醫師為課稅對象，若查證另有實際所得人，則依個案事實處理（財政部台財稅第 861924319 號函）。
六、查核辦法明訂的認列規定
談到節稅（這段表格雖然很硬，但很值得一看喔～），多數人第一個念頭是找灰色空間，但《執行業務所得查核辦法》裡本來就有一批明確、有上限也有條件的規定，屬於「照規則準備資料就能適用」的第一層。
以下是與診所較相關的條目：
| 項目 | 規定內容 | 適用前提 |
|---|---|---|
| 交際費 | 全年支付總額不得超過核定執行業務收入的一定比例；醫師屬「其他」類，比例為 3% | 取得合法憑證並查明與業務有關；在外宴客須統一發票，餽贈須發票或收據 |
| 職工福利 | 全年支付總額不得超過核定執行業務收入 2%；員工醫藥費另准核實認定 | 應取具支付憑證；文康、旅遊、聚餐先列職工福利，超限部分再轉其他費用 |
| 員工伙食費 | 每人每月（含加班誤餐費）最高 3,000 元得核實認定，免視為員工薪資所得 | 實際供膳須就食名單；按月定額發代金須印領清冊。超過部分須轉列薪資 |
| 員工團體保險 | 為員工投保團體人壽、健康、傷害及年金保險，每人每月保險費合計 2,000 元以內免視為員工薪資所得 | 須取得保險業收據與保單，並附每一被保險員工保險費明細表 |
| 職工退休金 | 適用勞基法者，提撥勞工退休準備金或提繳勞退金、年金保險費，每年度以不超過當年度已付薪資總額 15% 為限 | 非適用勞基法而定有退休辦法者為 4%；設置完全分離之退休基金者為 8%，三者擇一 |
| 捐贈 | 對教育、文化、公益、慈善機構或團體之捐贈，以不超過執行業務所得總額 10% 為限；國防、勞軍與對政府捐獻不受金額限制 | 必須以診所（事務所）名義為之並取得收據；以個人名義捐贈只能列個人綜所稅列舉扣除額 |
| 借款利息 | 向金融機構借款購置或興建房屋供執行業務使用，符合條件者利息得列為費用 | 須依法設帳申報、以本人或事務所名義借款、取得借款用途證明、有明確帳載與資金流程，並以主事務所所在地房屋為限 |
| 房屋稅、地價稅 | 執行業務使用之房屋，若登記為本人、配偶或直系親屬所有，得以執行業務使用部分為限列支 | 自有房屋雖不得列租金（獨資），但這兩項稅捐可按使用比例列支 |
| 汽機車稅費 | 供執行業務使用之汽機車，如屬執行業務者所有，其使用牌照稅及燃料使用費准予核實認定 | 須載於財產目錄並取得合法憑證；車輛相關費用以一輛為限 |
| 水電瓦斯費 | 水表、電表、瓦斯表未過戶但實際由執行業務者業務上使用者，提出具體證明後准予認列 | 租屋開業卻沒過戶表籍時特別實用 |
多數項目卡住的原因都一樣：憑證與名義。捐贈開成個人名義、伙食費沒有印領清冊、團體保險沒附明細表、車輛沒列入財產目錄。往往這些規定明明可用，卻因為程序沒做而列不上去。
以上清單可以跟你的會計師核對，上限比例會隨法規修正調整，個別項目能否適用、如何計算，仍應由會計師依當年度條文與診所實際資料認定。
七、開業前 90 天至少要完成的五件事
還沒開業時，最值得先做的是把資料流程定好。以下天數只是倒數導航，不是法定期限（實際進度仍依場地、設備、人事與主管機關而定）
| 時間點 | 應完成事項 | 常見缺失 |
|---|---|---|
| 約 90 天｜收入分類 | 依第二節五類收入設定收費系統代碼，標明誰收款、開什麼單據、記在哪一欄 | 只有「自費」一欄，含藥與不含藥沒分 |
| 約 75 天｜契約地圖 | 盤點醫師合作、合夥出資、租賃、聘僱與委外契約，確認文字與預計運作方式一致 | 契約寫合作、實際運作卻是受聘 |
| 約 60 天｜收款與跨期 | 替現金、刷卡、轉帳、第三方支付、預收與退費設定紀錄及對帳流程 | 年度交界的預收療程與退費未標示 |
| 約 45 天｜費用與憑證 | 定義請款、付款、原始憑證保管、人事扣繳投保及設備登錄流程 | 設備買了卻沒有建資產資料 |
| 約 30 天｜專業會議 | 問題按專業分類：申報與帳務找會計師；契約、合夥與股權找律師；勞健保、系統與空間法規交給相應專業者 | 只問「哪個比例最省」 |
八、發現短漏報或分類錯誤怎麼辦？
真正會讓人失眠的不是查核本身，而是已經發現短漏報或分類錯誤的怎麼辦？
先確定三件不能做的事：
- 不要用下一年度的帳把它蓋過去
- 不要事後回頭改契約或價目表
- 不要自行判斷「金額不大應該沒事」
這三種處理方式都會把原本單純的申報問題，變成憑證與帳簿的問題。
正確的順序是：把原始資料（收入明細、收據存根、金流、進貨與領用紀錄、契約）整理好，立即交給會計師或稅務代理人，由專業者依個案事實判斷應該如何處理、以及是否符合自動補報補繳的條件與時點。
稅捐稽徵法對於未經檢舉、未經稽徵機關或財政部指定調查人員進行調查前自動補報補繳的情形設有規定，但適用與否取決於個案時點與事實，必須由專業者確認。
越早處理，可選的路徑越多；拖到收到調查函，能談的空間就少了。
九、五個常見誤區與自我檢核
誤區一：把 43% 當成西醫師的通用費用率。它只對應非健保、含藥費、其他科別；內科、牙科、眼科等是 40%，外科、婦產科、骨科是 45%，精神科 46%，不含藥費的非健保收入只有 20%。
誤區二：以為採部頒費用標準就不用設帳。帳簿憑證是法定義務，而且查得實際所得較高時仍依查得資料核計；已設帳的診所還有核實、書審、前三年平均三條路可以走。
誤區三：把掛號費當零星收入。掛號費與部分負擔都是診所實際收入，且要適用 80%／90% 的分別，還得檢附當年度單價與人次資料。
誤區四：獨資負責人把自己的薪水與自有房屋租金列為診所費用。薪資依查核辦法第 18 條第 2 款不得列報；自有房屋租金則依租金支出規定，獨資不得列支，但聯合事務所租用其中一位執行業務者的房屋不在此限。
誤區五：把健保藥費的 94% 當成自己可以在帳上拆的。附註二的前提是健保署已區分藥費及藥事服務費收入，不是診所自行分類。
接著用這份西醫診所專用清單自評一次（通用型檢核項目在支柱篇）：
✔ 收入分類已拆成健保、掛號費、自費含藥、自費不含藥、非醫療商品五類。
✔ 我知道自己科別在 114 年度費用標準對應的是哪一格，不是憑印象記一個數字。
✔ 掛號費的單價、調價生效日與人次紀錄按年留存，申報時拿得出來。
✔ 健保收入中藥費與藥事服務費是否已由健保署區分，我確認過。
✔ 若有販售非醫療商品或包套療程，稅籍與發票義務已先向會計師或稽徵機關確認。
✔ 設備與裝修已建立資產清冊，知道折舊由誰計算。
✔ 預收療程與退費的年度歸屬有明確處理方式。
✔ 我知道自己目前走的是核實、書審、前三年平均或費用標準哪一條路。
✔ 申報前我會確認當年度公告版本，而不是沿用去年的數字。
✔ 捐贈是以診所名義開立收據，不是以個人名義。
✔ 伙食費有印領清冊或就食名單、團體保險有每人保費明細表、車輛已列入財產目錄。
常見問題 FAQ
Q1. 114 年度西醫師的費用率都是 43% 嗎？
不是。43% 只對應非健保醫療費用收入、含藥費、其他科別。內科、牙科、眼科、耳鼻喉科、小兒科、皮膚科、家庭醫學科為 40%；外科、婦產科、骨科為 45%；精神科為 46%；不含藥費的非健保醫療收入為 20%。健保收入依核定點數每點 0.8 元，掛號費則有 80% 與 90% 的分別。這組數字限 114 年度所得、115 年申報。
Q2. 健保收入的 94% 費用率，什麼情況才能適用？
依 114 年度費用標準附註二，必須是健保收入經中央健康保險署區分藥費及藥事服務費收入者，該部分收入才適用 94%。前提是健保署已經完成區分，不是診所自行在帳上拆分藥費比例。
Q3. 掛號費要用 80% 還是 90%？
以 114 年 12 月 31 日的收取金額認定：超過 150 元適用 80%，150 元以下適用 90%。另依附註三，若申報時檢附當年度掛號費實際收費情形（包含單價及人次），可依實際收取金額分別適用兩種比例。所以年度中若調過價，單價與人次紀錄要留存。
Q4. 自費或現金收入也要申報嗎？
要。財政部已明確提醒，醫療院所的執行業務收入包括健保給付及自費收入，均須覈實依法申報，短漏報經查獲者依法補稅及處罰。收款方式是現金、未開立收據，或病人不需要憑證，都不會改變申報義務。
Q5. 診所兼賣保健食品、保養品，稅務上要注意什麼？
醫療勞務、藥品、病房住宿及膳食有免徵營業稅的規定，但銷售非醫療商品通常不在免稅範圍內，可能涉及稅籍登記、開立發票與營業稅申報。包套療程中附帶的商品要看實際交易內容判斷，建議在開賣前先向會計師或稽徵機關確認。
Q6. 有診所統一編號的發票，都能列為必要費用嗎？
不一定。發票只是憑證形式之一，還要通過三道檢查：是否與執行醫療業務直接必要、是否真實發生且由正確對象支付、憑證記載事項是否相符。依執行業務所得查核辦法，非屬直接必要的費用不得列報，未取得原始憑證或記載不符者不予認定。
Q7. 獨資診所的負責醫師，可以領薪水列為診所費用嗎？
不行。依執行業務所得查核辦法第 18 條第 2 款，執行業務者除聯合執行業務者已於契約內訂定、其薪資得在不超過同業通常水準核實認列外，不得於其事務所列報薪資費用；本人的日常伙食費同樣不得列支。至於自有房屋租金，獨資不得列報，但二人以上聯合執業之聯合事務所租用其中一位執行業務者的房屋，不在此限。
Q8. 我到底該用核實減除還是費用標準？
這要由會計師依個案判斷，本文不提供選擇建議。但可以先確認一件事：費用標準的適用前提是未依法申報、未依法設帳保存憑證，或未能提供證明所得額之帳簿文據。已設帳記載且如期申報的診所，實務上還有書面審核純益率、前三年平均純益率兩條路可以評估，不是只有核實與費用標準二選一。
推薦資源
- 工作坊 診所開業與節稅工作坊｜楊荏傑總監 × 潘福睿設計總監 × 李維仁會計師
- 工作坊 診所經營醫師品牌 AI 實戰工作坊（二）
- 講座 診所雇主品牌與人資議題－醫師合約／工作手冊／反霸凌法｜邱芷若總監
- 諮詢 1on1 專家諮詢 諮詢說明：適合已有實際契約、合夥安排、收入結構、稅籍或帳務資料，需要針對自身狀況討論的醫師。具體稅務申報與個案認定，仍應由合格會計師或稅務專業者依個案處理。
重要提醒：本文提供一般稅務教育與資訊整理，不取代會計師、稅務代理人、律師或稽徵機關依個案完整事實所作的判斷。所得分類、費用認列、申報方式與應納稅額，仍須依當年度法令、實際契約、帳簿憑證及個案事實確認；報稅務必合法、誠實且完整。
